中成药制药废水主要来源于药材清洗、提取、浓缩、设备清洗及地坪冲洗等环节。这类废水具有成分复杂、有机物浓度高（COD值高）、悬浮物（SS）和色度高、水质水量波动大等特点，且常含有一定生物毒性物质。由于废水中含有糖类、木质素、蛋白质、色素和纤维素等成分，其处理难度较大，通常需要采用物化预处理、生化处理和深度处理相结合的多级组合工艺。

    中成药废水处理系统一般由三大模块构成：

    预处理单元是系统的第一道防线。废水首先经机械格栅拦截药渣、纤维等大颗粒悬浮物，随后进入调节池进行水质水量的均质均量调节，以缓冲生产波动带来的冲击负荷。之后通过混凝沉淀或混凝气浮，投加混凝剂使胶体颗粒脱稳凝聚，有效去除大部分悬浮物和部分有机污染物，同时改善废水的可生化性。对于可生化性差、难降解有机物含量高的废水，还可增设铁碳微电解或芬顿氧化等高级氧化单元，破坏难降解有机物结构。

    生化处理单元是系统的核心。经预处理后的废水依次进入厌氧和好氧生物处理阶段。厌氧段常用UASB（上流式厌氧污泥床）、IC（内循环厌氧反应器）或ABR（厌氧折流板反应器）等高效反应器，将高浓度有机物降解为甲烷和二氧化碳，大幅削减COD负荷。好氧段则通过A/O（缺氧/好氧）工艺、接触氧化或SBR（序批式活性污泥法）等，实现有机物的进一步降解及脱氮除磷。

    深度处理单元作为保障。生化出水可经混凝沉淀、过滤或MBR（膜生物反应器）进一步去除残留污染物，末端设置消毒环节确保微生物指标安全。处理后出水可稳定达到《中药类制药工业水污染物排放标准》或《污水综合排放标准》（GB8978-1996）相应等级要求。